脂肪肝可以是一个独立的原发性疾病，但更多的是某一全身性疾病在肝脏的表现。引起肝内脂肪过量蓄积的病因甚多，其作用程度及彼此间的关系迄今仍未充分阐明。
       
       临床上，引起脂肪肝的常见原因有过量饮酒、肥胖症、糖尿病、高脂血症、饥饿、高脂肪低蛋白饮食、蛋白质-热量不足的营养不良、静脉高能营养治疗、小肠改道手术治疗肥胖症、药物或工业毒物(如四环素、四氯化碳、黄磷和胺碘酮)、肝炎病毒感染(特别是丙型肝炎病毒感染）、急性妊娠期脂肪肝、Reye综合征、内分泌代谢障碍(如皮质醇增多症、甲状腺功能亢进、长程糖皮质激素治疗)以及一些慢性感染与炎症(如炎症性肠病、慢性结核病)等。在不同时期、不同的国家和人群中，脂肪肝的病因、临床表现及预后不一。比如，在三年自然灾害时期，我国农村居民中营养不良性脂肪肝尤为多见。
       
       近年来，随着经济水平的提高，脂类食物和饮酒增多，嗜酒、肥胖和糖尿病已成为脂肪肝的三大常见病因。在美国酒精性脂肪肝最为常见，在我国北方可能也以酒精性脂肪肝为主，而上海则以肥胖、糖尿病和高血脂症引起的非酒精性脂肪肝占优势。有时候，某一病人几种病因可同时存在，例如饮酒、肝炎病毒感染、体重过重及药物等因素并存。