选择药物流产有不少的优点，但也有它的局限性及副作用，因此不能像感冒发热到药房买几片APC吃那样简单，为了保证妇女健康，药物流产者必须在有条件的医疗机构中进行。其程序有： 
　　(1)流产前应该选择正规安全有保证的医院，进行全身体检和妇科检查，作实验室检查，如尿妊娠试验、阴道清洁度、滴虫和霉菌、血常规和血型化验，必要时做B超检查，确保是否怀孕或怀孕是否正常（如有宫外孕不能使用药物流产）。
　　(2)医生详细交待服药方法、药物疗效及可能出现的副作用，征得同意后方可用药。 
　　(3)目前常用剂量：米非司酮用量为150～200毫克，可以顿服或分次于3天内服完。于第3天到医院加用前列腺素制剂：卡孕拴1毫克置于阴道内或米索前列醇600微克口服。在医院中观察6小时。 
　　(4)流产过程中的监护：住院观察期间除注意血压、脉搏、药物副作用外，所排出的大小便均需保留在干净便盆内，由专人检查并记录有无胎囊及其排出时间，胎囊大小和出血量。如排出胎囊前后有活动性出血，可给宫缩剂或立即刮宫止血。 
　　(5)观察6小时后如胎囊仍未排出，出血不多，可回家，按医生规定日期随诊。如在已排出毛襄性的血块，在十天之内没有血流不尽的话，表明此次药物流产成功，如一个月内都一直有血流出的话，表示没流干净，应到医院再做清宫手术。